UNDP được thành lập ngày 22 tháng 11 năm 1965, là sự hợp nhất của Chương trình mở rộng hỗ trợ kỹ thuật EPTA (Expanded Programme of Technical Assistance) vốn được thành lập năm 1949, và Quỹ đặc biệt của Liên Hiệp Quốc (UN Special Fund) thành lập năm 1956.[2].

Sự hợp nhất nhằm tránh trùng lặp hoạt động. EPTA hỗ trợ các khía cạnh kinh tế và chính trị của các nước kém phát triển, trong khi Quỹ đặc biệt là để mở rộng phạm vi hỗ trợ kỹ thuật của Liên Hiệp Quốc.[3]

Năm 1971, UNDP tích hợp đầy đủ của hai tổ chức này.

Năm 1995, Văn phòng Dịch vụ Dự án của Liên Hiệp Quốc UNOPS (UN Office for Project Services), tách ra thành một tổ chức dịch vụ độc lập với UNDP. UNOPS tiếp quản việc quản lý và thực hiện các chương trình.